직파재배가 노동력 및 경영비 절감 차원에서 보급되었으나, 쌀품질 저하, 벼 수확량 감소를 일으키는 잡초성벼의 발생이 해마다 늘어나는 추세여서 문제가 된다는 지적이다.
전북지역에서는 2003년 잡초성벼의 발생면적이 278ha에 불과했으나 1년후에는 1,035ha로 증가했다.
이에 전농원은 잡초성벼 문제의 심각성을 인식하고 방제연구에 착수해 잡초성벼를 90%이상 방제할 수 있는 기술을 개발했다.
잡초성벼는 재배벼와 생리생태적 특성이 매우 유사하여 벼 재배시에는 방제가 매우 어려운 특성을 지니고 있다. 이러한 잡초성벼를 방제하기 위한 방법으로는 먼저 건전한 보급종 종자를 사용하는 것이 중요하며, 잡초성벼는 출수 후 등숙속도가 빠르고 탈립성이 강하므로 탈립되기 이전인 출수 후 10일 이내에 제거해 주는 것이 이듬해 발생량을 줄일 수 있다.
잡초성벼 발생이 심한 포장은 가능한 한 추경이나 춘경을 하지 않고 벼 수확 후 무겨운 상태를 유지하다 이듬해 4월 초순경에 담수하고 가급적 이앙시기를 늦추어 잡초성벼의 발생을 최대한 촉진시킨 다음 파종 및 이앙 10일전에 비선택성 제초제를 처리하면 90%이상 잡초성벼 방제가 가능하며 잡초성벼를 이렇게 방제했을 경우 방제하지 않는 논에서는 10a당 197kg밖에 수확 할 수 없지만 최대536kg까지 수확이 가능하다